1933年12月下旬，刘启耀在博生县七里坪村召开的江西第二次工农兵苏维埃代表大会上当选为主席。1934年2月10日，江西苏维埃执行委员会发布第一号布告，刘启耀表示“誓以布尔什维克精神，努力执行大会决议，领导江西千百万工农群众……为苏维埃政权奋斗到底，迅速粉碎敌人五次‘围剿’，完成江西首先胜利，争取苏维埃新中国胜利。”

刘启耀走马上任的第一件事，是通令省苏各级机关反对铺张浪费，为革命厉行节约，而且必须是十二分的节俭，否则就成为革命的罪人。他要求所有的工作人员，不浪费一个铜板，不滥用一张信纸，不多点一盏油灯，不乱耗一支铅笔。他自己起草文件时一张毛边纸要用三遍，先用铅笔写，再用红笔写，最后用墨笔写，正面写了背面写。铅笔用到短得握不住了，还要绑上小竹棍接着用。他还规定大家晚上点灯要尽量用一根灯芯，最多不能超过两根。由于他言必称“十二分的节俭”，大家听多了，一见到他便会善意开玩笑说：“十二分节俭主席来了！”他莞尔一笑，毫不介意，说：“大家懂得节俭就好。”刘启耀就是这样“节省每一个铜板为着战争和革命事业，为着我们的经济建设”。

刘启耀为官清正廉洁，克己奉公。1934年初，党中央号召节省粮食支援战争。刘启耀在会上郑重宣布，从4月份开始，他身带粮食办公，直到反“围剿”获得胜利。在返回家乡背米去宁都时，妻子埋怨说：“当了省主席，连饭都赚不到吃，真没用。”他耐心解释，“共产党的官，是为人民谋利益的。”后来，由于战争形势趋于紧张，刘启耀公务繁忙，无暇回家背米，妻子主动挑了两布袋米，走了100多里的山路，赶到宁都看望丈夫。一进门，她便半开玩笑地说：“老公老公，饭要我供。”刘启耀赶忙回应：“革命成功，吃穿不穷。”

1934年10月26日，主力红军长征后，留在苏区的曾山、刘启耀等江西省党政军领导在博生县西甲村开会，研究部队的行动和策略问题。会议决定，首先牵制敌人掩护红军主力突围北上，然后向东固集结，以东固为据点坚持游击战争。会议决定撤销省苏维埃政府和省军区，成立江西省军政委员会。会后，他们在11月中旬转移到洛口金竹坑村，进行游击活动。12月初，被敌十四师包围，曾山、刘启耀突围后，回到宁都小布树陂村。

1935年1月上旬，中共江西省委、省苏维埃、省军区机关部队2000余人，被敌罗卓英部4个师围困在宁都小布地区。在商定兵分三路突围分手之前，江西省委代理书记曾山将一个褡裢交给省苏维埃政府主席刘启耀保管，里面是中共江西省委全部的活动经费，有13根金条和大量银圆、首饰。刘启耀将褡裢用油布包裹好，悄悄掩埋在一个人迹罕至的乱石堆里。部队兵分三路开始突围。省军区司令员李赐凡等牺牲；省委组织部部长刘球贤、政治保卫局局长娄梦侠等被俘；省委代理书记曾山率两团部队，突围转移到东固地区。刘启耀所率的第二路在前往东固途中被敌人冲散打垮，刘启耀身负重伤。敌人清理战场时，误认是具死尸，恰好又从另一具游击队员遗体中搜到一份中共党员证，上面写有刘启耀的姓名和职务。于是，敌军营长马上叫来随军记者当场拍照，借以邀功请赏。3月16日，国民党《中央日报》在《江西农村视察记》中宣称“击毙伪省苏主席刘启耀”。连苏区中央局领导项英也信以为真，甚至1995年人民出版社出版的《陈毅年谱》（第185页）也认为刘启耀在1935年1月上旬突围时牺牲。

其实，是刘启耀的同庚战友刘国龙将受伤昏迷的刘启耀推入死人堆中，拿起他的驳壳枪和证件，想把敌人引开时，不幸中弹牺牲。 

深夜，身负重伤的刘启耀被寒风冻醒，找到原来藏身的山洞，取出掩埋在乱石中的褡裢系在腰间，这沉甸甸的褡裢里装着金条、银圆与首饰。那是与曾山分手时，曾山委托他保管的一笔公款。伤愈之后的刘启耀与游击队失去了任何联系，陷入了孤雁离群的困境。他深知老家兴国有家难回，妻子被污蔑为“土匪婆”遭到严刑拷打，手指被打断，脚也被打拐了，生活无着落，靠乞讨度日。儿子流落他乡，学撑船做船夫，女儿送人做了童养媳。弟弟刘启琨参加长征因伤回乡，被反动派抓去折磨至死。地主恶霸宣称刘启耀为“大土匪头”，要杀他。刘启耀在山民帮助下，身穿烂棉袄，头顶破雨笠，肩背讨饭袋，手拿打狗棍，化装成乞丐，往湖南方向追赶西移的主力红军。可是，湘赣边境敌人岗哨林立，盘查甚严，刘启耀被迫隐姓埋名，在遂川、万安、泰和一带山区漂泊流浪。饿了，向附近人家讨点饭吃；渴了，就在路边小溪喝点山泉水；入夜躺在茶亭庙角里。几个月过去了，谁也想不到，眼前这个衣衫褴褛，披头散发，面容憔悴，胡须很长的叫花佬竟会是大名鼎鼎的江西省苏维埃主席刘启耀。更令人难以理解的是，这个腰缠万贯的乞丐却宁可讨米讨饭，忍饥挨冻，绝不动用这笔公款的一丝一毫。

为了寻找党组织，刘启耀手拿“打狗棍”，提着篾箩，走村串户讨米讨饭。偶尔在路边发现竹笋、野果、野菜就拿来充饥。无论生活怎样艰辛，无论怎样忍饥挨饿，刘启耀始终没有动用一分一毫的革命经费。就这样，他几乎走遍了赣西南老苏区的山山水水，在寻找党组织的同时，联系到数百散落在当地的苏区战士和苏区干部，同敌人开展针锋相对的斗争。他先后两次被敌人抓获，面对敌人的威逼利诱，他始终没有交出革命经费。生存条件稍有改善时，他设法到深山老林采草药、烧木炭挑到集市上去卖，以此维持生计。

刘启耀纪念馆

1936年初，刘启耀在泰和马家洲以办旅社为掩护，筹建了“旅宁同乡会”，接待过往失散红军，开展党的秘密工作，先后组建了遂川、万安、泰和、吉安等地下县委。1937年1月，在此工作基础上，成立中共江西临时省委。同年9月，刘启耀赶往大余池江圩，见到了陈毅等人。中共赣粤边特委指示刘启耀取消临时省委，改为遂、万、泰县委，刘启耀任书记。这年冬，他将自己保存的经费全部交给中国共产党在吉安建立的新四军办事处。刘启耀把珍藏的财宝连同清单，悉数交给了新四军办事处负责人贺怡，由她转给了新四军。13根金条还有银圆、首饰，和曾山当初交给他的时候一模一样，分文不少，显示了一个共产党员的崇高的精神境界，与某些趁革命低潮、党组织危难之际，席卷公款不辞而别的无耻小人、投机分子有着天壤之别。

1938年5月，刘启耀调任中共吉安县委书记，10月中共吉安县委遭到反动派破坏，刘启耀被捕，抵住了严刑拷打。1939年，经组织多方营救，取保释放，改任泰和县委书记。1940年，刘启耀向赣西南特委汇报工作，在从赣州返回途中，遭叛徒指认再次被捕。紧急时刻刘启耀及时机智地隐藏了党内文件，经组织及时营救脱险。

1941年7月，国民党顽固派在第二次反共高潮中破坏了中共兴国特委、吉安中心县委及江西省委。刘启耀被捕后一口咬定自己是失散的红军，别的什么都不知道。敌人一无所获，也没有抓到更多的把柄，半年后被迫同意取保释放。由于江西、广东的党组织停止了活动，刘启耀又失去了组织联系，获释后在泰和马家洲一带设棚卖茶度日。

1942至1946年，刘启耀积劳成疾，因患肺病无钱医治，贫病交加，吐血不止，最后客死在马家洲，时年47岁。死的时候身上仍旧穿的那件破烂长衫和补丁接补丁的单裤。在群众帮助下，同乡掩埋了刘启耀。