- |必读|对现有数据重新分析,明显提高了遗传疾病诊断率
- 来源:全球医生组织
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《新英格兰医学杂志》刊发一项研究,研究人员开发了全新基因组分析流程将新发现致病基因纳入到分析流程中,对已有测序数据进行重新分析,大大地提高了未诊断遗传疾病的诊断率。
随着医学遗传学和测序技术的不断发展,一些以往未曾报道过的新致病基因逐渐浮出水面。
此前的测序数据是否也包含这些未纳入的致病基因?患者是否能从中获益?只有对已有的测序数据重新分析才能回答这个问题。
这好像是“丢了西瓜,捡了芝麻”,现在,再梳理一遍看看是否还有芝麻或西瓜?
在讨论重新分析结果之前,对以往测序数据重新分析本身就是一巨大挑战,令很多研究者望而却步。不过研究人员想出办法克服了这一难题。
《新英格兰医学杂志》近日刊发研究人员成功开发了基因组分析流程,可有效提高未诊断疾病的分子水平诊断率。
美国贝勒医学院研究人员对现有数据进行重新分析,将新发表的致病基因纳入分析流程,同时也包括最初分析中已确定的其他遗传学信息。最终提高了遗传疾病的诊断率。重新分析组的诊断率几乎翻了一倍,验证了该分析流程的价值所在。
研究人员利用新的分析流程,重新分析更方便操作,同时还能捕获大多数疾病的诊断信息,该流程有助于实现分析过程的半自动化和未来的AI智能化。
研究人员为患者提供关于所患疾病的信息。在某些情况下,甚至可能改变健康管理和疾病的精准治疗方案。此外,由于整个分析流程几乎不需要专人操作,是半自动化,因此这种重新分析工作成本仅占原来测试的极小一部分。
该论文第一作者、贝勒医学院遗传学临床研究和实验室主任刘博士指出:早在2016年美国医学遗传学会议上,他们的实验室就率先报告了重新分析遗传数据的初步结果,该流程将最初分析以后的新发表遗传信息纳入分析范围,使得两组患者的分子诊断率增加。
刘博士和他的团队重新分析了外显子组测序数据,外显子组测序数据指的是一个人的基因组DNA片段,其中包含编码蛋白质的DNA。通过分析这些被称为外显子的片段,研究人员可以识别DNA序列中的变化,也称为变异。
许多致病突变发生在外显子区域,因此,整个外显子组测序被认为是一种有效的基因筛查策略,可用于确定候选致病突变。
研究人员对两组患者的外显子组测序数据进行了重新分析,将原始分析日期至2017年12月之间发表的致病基因纳入分析。第一组250名患者数据最初分析是在2012年,第二组2000名患者数据的最初分析是在2013年。
手动重新分析第一组的外显子组测序数据,几乎使诊断率翻了一番,从25%增加至47%。
研究人员认为重新分析非常耗费人力和时间,他们为此设计了一个分析流程,实现了分析流程半自动化。用新设计的分析流程重新分析第一组的测序数据,诊断灵敏度达到92%。对照参考是手动重新分析。
贝勒大学分子与人类遗传学教授杨博士指出:就这两个组分析结果来看,大多数新的分子诊断病例均来自于新发现的致病基因。
其中第一组新诊断的病例中75%的病例来自于新发现的致病基因;第二组64%的诊断来自于新发现的疾病基因。这就有力地验证了该分析流程的临床应用价值。
此外,刘博士研究团队将更新后的测序结果发送给患者的医生。他们邀请了患者的医生提供反馈。约40%的医生给出了回应,认为75%的患者因最新遗传分析结果而接受了基因遗传疾病的咨询。其中约一半患者因为新诊断结果而改变了健康管理策略。
贝勒医学院分子和人类遗传学教授卢斯科博士认为:定期再分析能够让患者受益,可得到医生更好的咨询建议。研究人员由衷地希望其他基因检测实验室、医生和患者能从这一新的分析方法中受益。
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