APOE基因有三种类型，称为等位基因：APOE2，E3和E4。每个人都有两个基因拷贝，组合确定你的APOE“基因型”-E2 / E2、E2 / E3、E2 / E4、E3 / E3、E3 / E4或E4 / E4。E2等位基因是最稀有的APOE形式，即使只有一个拷贝，也可以将患阿尔茨海默病的风险降低40％。APOE3是最常见的等位基因，似乎不会影响风险。APOE4等位基因存在于大约10-15％的人群中，增加了阿尔茨海默病的风险并降低了发病年龄。有一份E4（E3 / E4）可以将风险提高2到3倍，而两份（E4 / E4）可以将风险提高12倍。必须再次强调得是：拥有APOE4等位基因并不意味着一个人肯定会患阿尔茨海默病，这只会增加其可能性。

尽管存在这种关联，但美国国立卫生研究院（National Institutes of Health）仅建议在推进药物研究临床试验中对APOE状态进行基因检测。APOE4只是痴呆症的众多危险因素之一，其影响因年龄、性别、种族和国籍而异。例如，拥有E4等位基因的一个拷贝可能会给女性带来更大的风险，而有两个拷贝似乎会对男性和女性产生同样的影响。

APOE蛋白起着许多重要作用，包括胆固醇在不同组织和细胞中的转运。由不同的APOE等位基因产生的蛋白质对这种转运功能的处理方式也不同。

在大脑外，APOE4可以增加动脉粥样硬化和中风的风险，这可以解释为什么APOE4是认知功能障碍和痴呆的血管原因的危险因素。在大脑内部，APOE有助于清除β-淀粉样蛋白斑块。APOE2似乎比APOE4能更有效地执行此功能，APOE3介于中间。这种转运β-淀粉样蛋白的差异代表了科学家所谓的“功能丧失”毒性。然而，研究人员怀疑APOE4蛋白也可能具有毒性“功能增强”活性，例如对压力或损伤的反应增强。